La dinámica de las epidemias, y en mayor grado de las pandemias, es muy compleja. Se puede simplificar diciendo que depende, principalmente, de dos factores: el virus (factor viral) y el ser humano (factor humano). La realidad no es tan simple: intervienen muchos más asuntos de carácter geográfico, demográfico (pirámide poblacional, densidad de población), cultural, el grado de desarrollo económico y tecnológico, el régimen político vigente (estable o inestable), el nivel educativo poblacional, la salud general de la ciudadanía, la estación del año (clima, temperatura, humedad, radiación ultravioleta) y otros más.
La pandemia vigente del coronavirus causante de la Covid-19 no es una excepción a la regla. De ahí que, como hemos señalado en numerosas ocasiones, a la hora de ciertos análisis se deban tener en cuenta las mil caras de una epidemia. Dicho de otro modo, como aprendimos con el sida, cuando hablamos de epidemias o de pandemias en realidad nos referimos a decenas o cientos de epidemias concurrentes o sucesivas: la que está ocurriendo en un lugar preciso y en un momento determinado, además de sus múltiples versiones propias y ajenas.
Para entender esta premisa basta comparar los datos numéricos o porcentuales de los infectados, hospitalizados, ingresados en las UCI o fallecidos en un día cualquiera. O ver las famosas curvas de incidencia con sus crecimientos exponenciales, los picos de diferente altura y las caídas, también exponenciales, a valores menos agobiantes (el aplanamiento de la curva).
Por otra parte, y también se ha insistido en ello en este foro, denominar y atribuir la génesis de un brote epidémico al nombre de la ciudad, la región o el país donde se describe científicamente por primera vez es erróneo e injusto. Erróneo porque el lugar donde se describe no tiene por qué ser el origen real del brote, sino el primero que llama la atención general. Injusto porque estigmatiza al lugar y a su ciudadanía para siempre.
Son muchos los ejemplos históricos destacados: la pandemia de bubas (probable sífilis venérea) del siglo XVI que arrasó Europa (mal francés, mal napolitano, mal español y decenas de toponimias acusatorias más) o la gripe pandémica de 1918 (gripe española) y las siguientes (gripe asiática, gripe rusa).
En la pandemia vigente se cometió este grave error cuando irrumpió (se hablaba del virus chino y la pandemia china). También se hizo a medida que fueron apareciendo las diversas variantes víricas (variantes británica, sudafricana, brasileña, de India, etcétera).
La OMS, con muy buen criterio, decidió nominarlas con letras griegas evitando la estigmatización y ayudando a simplificar las complejas terminologías de Pango, NextStrain o los CDC. Por tal razón, hoy todo el mundo en los medios y en la vida cotidiana dice o escribe variantes alfa, beta, gamma, delta y demás hasta llegar a la última y más novedosa, ómicron.
La variante ómicron se describió por primera vez en noviembre de 2021. Se hizo desde Sudáfrica (a la vez, en Botsuana). Pero esta variante, como las otras, pudo estar circulando desde mucho antes por diversos lugares del mundo sin que nadie tuviera conocimiento del tema.
La compleja relación entre el virus pandémico y el ser humano ocurre en el escenario de una peligrosa combinación de ciencia, política e información al minuto. Tal vez interese ver qué ocurrió en verdad en Sudáfrica con el coronavirus pandémico de mil caras o variantes. Un virus que, como el emperador Adriano, es un viajero impenitente (alguien también llama al emperador el hombre de las mil caras).
Además de conocer qué sucedió en Sudáfrica, es una buena ocasión de analizar lo sucedido de forma paralela en España. Sabido es que ambos países se ubican en dos continentes y hemisferios distintos y hay 11.500 kilómetros de distancia entre sus capitales.
La llegada del coronavirus a Sudáfrica
Nos apoyamos en una publicación de Nature Medicine de febrero de 2021. Según Houriiyah Tegally et al., la primera infección por el coronavirus pandémico (entonces la variante con la mutación D164G) se detectó en Sudáfrica el día 5 de marzo de 2020 (en la provincia de KwaZulu-Natal, cuya capital es Durban). La introdujo un viajero procedente de Italia (retengamos este dato en la memoria reciente). En menos de dos semanas hubo transmisión comunitaria general.
El día 26 del mismo mes (tres semanas más tarde) se inició el duro confinamiento de todo el país, aunque no impidió que solo ocho meses más tarde (noviembre 2020) hubiera 750.000 casos declarados (el 50% de todas las infecciones conocidas en África en ese momento). Entre el 6 de marzo y el 26 de agosto el activísimo y bien cualificado grupo investigador del profesor Tulio de Oliveira analizó 1.365 genomas casi completos. Identificaron 16 nuevos linajes víricos, con mutaciones únicas no vistas antes.
Además, detectaron tres nuevas variantes propias (B.1.1.54, B.1.1.56 y C.1) surgidas en plena extensión local sudafricana. De inmediato se extendieron por todo el país conformando en torno al 42% de los casos secuenciados.
Tal vez convenga recordar que el SARS-CoV-2 original ya surgió desde el principio con dos linajes filogenéticos principales y diferentes: el linaje A y el linaje B. Ambos se originaron en China: el linaje A se extendió desde Asia al resto del mundo, mientras que el B lo hizo desde Europa (adonde llegó, muy probablemente, desde China).
Por tanto, conviene saber que la vieja Europa ha desempeñado y desempeña un papel protagónico muy importante en la difusión de la pandemia desde el inicio, lo cual se entiende por su enorme diversidad sociodemográfica, la densidad de población, la economía y el hecho de ser un nudo gordiano muy importante en las comunicaciones mundiales (por tierra, mar y aire), amén de su importancia respecto a las relaciones políticas, sociales y económicas entre sus estados miembros y con terceros países (destacando África y Asia).
Como está dicho, Sudáfrica confinó a su población al máximo nivel (nivel 5). Esta acertada medida redujo el número de reproducción efectivo (Re) que era superior a 3 a menos de 1; es decir, Sudáfrica pasó de un importante contagio exponencial activo (cada infectado contagiaba a tres más) a menos de uno (indicativo del control de la epidemia).
Debido al peso negativo de la repercusión económica en la ciudadanía y en los gestores políticos y a la mejoría de la situación general, el bloqueo del movimiento ciudadano (actividades escolares, comerciales, laborales y lúdicas) se fue relajando progresivamente en mayo (nivel 4), junio (nivel 3) y agosto (nivel 2). Se puede decir que la epidemia en Sudáfrica tuvo dos fases: la de introducciones tempranas del virus desde el exterior (extranjero) y la del pico de infecciones internas.
Comentamos aquí la primera fase: en septiembre de 2020 (a los seis meses del primer caso conocido) los investigadores del consorcio Network for Genomic Surveillance in South Africa (NGS-SA) aplicaron la epidemiología genómica para saber qué pasó en su país. Estimaron la máxima probabilidad y las filogenias del reloj molecular para un conjunto de datos de 7.213 genomas, incluidos los 1.365 propios. Esto les permitió detectar 101 introducciones en Sudáfrica. La mayoría eran procedentes de Europa (Figura 1) y sucedieron antes del confinamiento del país (26 de marzo).
Por otra parte, también detectaron 67 eventos de introducción posteriores al confinamiento, pero estos representaron solo el 5% de los genomas muestreados. En las primeras fases de la epidemia, antes del 1 de abril, se infirieron 34 introducciones a partir de 35 genomas muestreados (97,1%), que los investigadores denominan introducciones tempranas. Las primeras introducciones fueron casos aislados o pequeños grupos de transmisión. Los genomas sudafricanos fueron asignados a 42 linajes, 16 de los cuales eran específicamente locales y uno (C.1, antes B.1.1.1.1) descendiente del linaje principal B.1.1.1 europeo. Los tres grupos sudafricanos monofiléticos o de la misma rama (B.1.1.54, B.1.1.56 y C.1) surgieron y se propagaron durante la segunda fase epidémica (Figura 2) como consecuencia de la relajación de las medidas de confinamiento y la movilidad poblacional.
El análisis de las cargas víricas (umbral de ciclos o Ct) y del tipo de mutaciones presentes no era compatible con una mejor competencia adaptativa del virus (por su contagiosidad, infectividad o escape inmune). Por tanto, cabe concluir que en el inicio (fase uno) de la pandemia en Sudáfrica primó el factor humano. Lo que sucedió más tarde es otra historia en la que, naturalmente, ya participó el virus (factor viral) con la aparición de nuevas variantes.
Ahora (diciembre de 2021), cuando la variante ómicron (B.1.1.529) tiene a buena parte del mundo expectante, se repite la historia. Aunque descrita en Botsuana y Sudáfrica en noviembre de 2021, hay quien sostiene que el origen de ómicron no es sudafricano porque ya estaba circulando por Europa y América desde semanas o meses antes.
Cabe preguntarse cómo es posible averiguar cuándo, cómo y dónde se origina una pandemia de linajes o variantes dentro de una pandemia matriz tremenda cuyo origen real todavía se desconoce y discute al más alto nivel. A lo más que se puede llegar es a suponer de dónde procede apoyándose en los datos genómicos, epidemiológicos y clínicos gestionados por grupos multidisciplinares muy cualificados. Lo cual no es poco.
Si nos acogemos a la larga historia de las epidemias, plagadas de especulaciones y opiniones por contrastar, todavía se debate el origen geográfico real de las de Atenas (siglo V a. C), la antonina o de Galeno (siglo II), la de Constantinopla o de Justiniano (siglo VI) o la peste medieval de Boccaccio (siglo XIV), por señalar las más famosas y mejor estudiadas.
Ni siquiera estamos seguros del comienzo real, no el oficial (junio de 1981), del sida. ¿Recuerda alguien que en España, cuando ya estábamos en la fase exponencial de la primera ola, se comunicó el fallecimiento de un señor en Valencia que pudo infectarse meses antes en Nepal? ¿Se ha escrito algo, documentado, sobre Nepal y el coronavirus?
En España, antes que en Sudáfrica, ocurrió algo parecido, pero diferente
España tuvo un gran protagonismo en las primeras jornadas pandémicas (estuvo a la cabeza mundial por el número de casos). También está ahora en los primeros puestos del ridículo concurso internacional de ver quién vacuna a más gente, una competición falsa si no se vacuna a la mayoría del planeta.
Pero España no destaca por sus publicaciones genómicas internacionales. No obstante, por fortuna, en septiembre de 2021 se publicó un excelente artículo en Nature Genetics que rompe la regla. Es fruto del trabajo del denominado Consorcio Nacional de Epidemiología Genómica del SARS-CoV-2, una agrupación de más de 50 hospitales y otras instituciones científicas españolas.
España comunicó el primer caso de infección por SARS-CoV-2 el día 29 de enero de 2020 (todavía el virus no se llamaba así). La OMS declaró pandemia el 11 de marzo. El Gobierno español impuso el estado de confinamiento total el día 14 de marzo. Se logró, con la colaboración mayoritaria de la población responsable, reducir de forma drástica el curso de la epidemia a final de mayo de 2020 (el Re cayó de 2,5 a 0,5).
En el artículo citado, Marian G. López y colaboradores analizan los datos de la secuenciación del 12% de los casos notificados en España antes del confinamiento y el 1% de los notificados en la denominada primera ola pandémica. El grupo investigador español utiliza la epidemiología genómica, los datos epidemiológicos y clínicos. La genómica, siendo imprescindible, no es suficiente.
Esto ha permitido a los investigadores españoles documentar numerosas introducciones desde el exterior y describir la existencia de nueve clados epidémicos (un clado es una rama del árbol filogenético cuyo comienzo es un antepasado común). López et al. denominan SEC (Spanish Epidemic Clades) a las introducciones. Dos de los nueve SEC, SEC7 (10% de los casos) y SEC8 (30%) fueron los causantes del 42% de los brotes de expansión exponencial. Muy interesante es saber que los SEC españoles pertenecen al primer linaje pandémico (linaje A en denominación Pango, 19B en denominación NextStrain) relacionado con el virus original de Wuhan, más que con el circulante por Europa.
En modo telegráfico, para facilitar la lectura, los datos aportados por el consorcio genómico español son:
- Analizaron 2.170 secuencias genómicas recogidas entre el 25 de febrero (preconfimaiento) y el 22 de junio de 2020.
- Muestrearon 16 de las 17 comunidades autónomas.
- El perfil de linajes españoles (linaje A) se parece más a los casos secuenciados en China que a los circulantes entonces por Europa (linaje B).
- El linaje A español fue luego sustituido por el linaje B el cual difiere en 6-7 sustituciones de aminoácidos con respecto al linaje A.
- España mostró al inicio una amplia heterogeneidad genética viral, tanto a nivel regional como local. La diversidad fue mayor en las áreas urbanas.
- La inspección de la filogenia global con el análisis de más de 30.000 secuencias genómicas permitió detectar múltiples introducciones. Se consideran tres posibilidades de ubicación filogenética: grupo de transmisión candidato (224 grupos, 827 secuencias genómicas), grupo de distancia cero (30 grupos, 831 secuencias) y grupo de secuencias únicas (513 secuencias).
- De su análisis, los autores infieren que en España hubo al menos 519 introducciones independientes (con probable subestimación de la cifra real). La más probable introducción de casos procedió, por orden según su magnitud (en %), de Italia (23% de los casos), Países Bajos (20%), Inglaterra (13%) y Austria (12%).
- Los clados más grandes, SEC7 y SEC8, ambos del linaje A (denominación Pango), fueron las primeras variantes genéticas exitosas introducidas en España a finales de enero-febrero de 2020. Luego se difundieron por todo el país (detectados en 10 de las 17 CC AA) (Figura 3).
- La mutación D614G, tan ampliamente difundida al poco de surgir la pandemia y que contribuyó a la difusión mundial, no estuvo presente en los clados SEC7 y SEC8.
- Tampoco se detectaron otros datos virológicos (por ejemplo, la carga vírica mediante los Ct o mutaciones) en apoyo del éxito difusor del virus. Dicho de otro modo, el virus recién llegado no tenía un perfil genético de agresividad.
- Sin embargo, parece que fueron muy determinantes los eventos epidemiológicos superpropagadores (el factor humano) y el efecto fundador (es la reducción en la variación genética producida cuando un pequeño subconjunto de una población grande establece una nueva colonia). El clado SEC8 llegó desde Italia a Valencia a través de la pasión futbolera (encuentro de la Champions League Atalanta-Valencia, día 19 de febrero 2020). Una persona asistente provocó tras su regreso 24 contagios con posterior difusión general. Cuatro días más tarde y en el norte del país, tras un funeral con 800 asistentes surgió un brote (36 casos sintomáticos iniciales) que se extendió por el País Vasco y la Rioja. En menos de dos semanas, el linaje SEC8 español supuso el 60% de los genomas españoles secuenciados.
Conclusión
Se sabe poco, aunque cada vez más, sobre el comienzo real de la pandemia coronavírica en distintos sitios del planeta. Es prudente no mezclar ciencia y política ni se deben atribuir hechos a quien no corresponde. Porque en lugares muy alejados pueden suceder fenómenos parecidos y, a la vez, muy diferentes, más atribuibles al factor humano que al poder patógeno del virus (Tabla 1). Lo que importa, en el conflicto actual, es actuar pronto, bien y usar un telescopio planetario en lugar de la lupa que se fija en el país, la región o el pueblo. Como está haciendo el virus zoonótico desde que entró en la escena ecoambiental compartida con un mamífero de la especie Homo sapiens sapiens. Se diría que este viajero impenitente parece conocer a la perfección la errática conducta de los humanos, otros impenitentes viajeros.
