SARS-CoV-2: La variante ómicron progresa adecuadamente

La pandemia de covid-19, provocada por el antes desconocido coronavirus SARS-CoV-2, figura en los libros de historia por su brutal impacto: en la salud individual y colectiva, la demografía, la economía, la geopolítica, la ética y otros aspectos de las sociedades que habitamos el primer cuarto del siglo XXI. Naturalmente, también por su enorme alcance en cuanto al número de afectados y de fallecidos. Todavía hoy, en junio de 2025, el virus sigue ocupando los titulares de la prensa internacional

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Micrografía electrónica de transmisión de partículas del virus SARS-CoV-2 aisladas de un paciente. Imagen capturada y coloreada en el Centro de Investigación Integrada (IRF) del NIAID en Fort Detrick, Maryland. Crédito: NIAID

Covid-19 es, sin duda, una tragedia histórica. Compite en importancia con la famosa epidemia de Atenas, de etiología desconocida, ocurrida en el tiempo de Pericles (siglo V a. C.); con la epidemia (probable viruela mayor) que asoló el imperio romano cuando gobernó Marco Aurelio (siglo II d. C.: epidemia antonina, o de Galeno); con la pandemia (probable peste bubónica) del siglo VI (peste de Justiniano); con la peste bubónica verdadera del siglo XIV descrita magistralmente por Giovani Boccaccio en su Decamerón; y, finalmente, con la brutal gripe pandémica de 1918-1920 (obviamos citar otras dos docenas de epi-pandemias de importancia histórica).

Hoy, cuando la primavera de 2025 está a la espera de entregar el testigo al muy cercano solsticio de verano, todo parece ya normal: Habemus Papam, pero no pandemia. Sin embargo, el virus pandémico causante de la infección covid-19 no ha desaparecido de la escena epidemiológica. Sigue vivito (no es un ser vivo) y mutando. Usted recordará que, tras el brote inicial del entonces nuevo (corona)virus, posteriormente denominado SARS-CoV-2, surgido en la ciudad de Wuhan (China) a finales de 2019, apareció casi de inmediato una primera variante con una mutación novedosa y definitoria (D614G).

Le siguieron otras variantes mutacionales que empezaron a rellenar, por riguroso orden de llegada, el alfabeto griego (alfa, beta, gamma, delta…) clasificatorio, en una sucesión continua de letras.

Los organismos internacionales (en especial la OMS), de acuerdo con los expertos, consideraron dos grandes grupos: variantes de interés (VOI, por Variants of interest) y variantes de preocupación (VOC, por Variants of concern). Más tarde se añadió la variante de monitorización para significar el seguimiento de una nueva variante y ver si llegaría a ser de preocupación (VOC) o caería en el intento, como tantas otras.

Y en estas llegó ómicron

Así andábamos hasta la aparición de la VOC ómicron en noviembre de 2021, denominada así por la OMS y B.1.15291.1 (clasificación PANGO), GR 484A (base de datos GISAID) y 21K (Nextstrain). Un lío nominal. Ómicron se detectó casi simultáneamente en Botsuana, Hong Kong y Sudáfrica. En realidad, ómicron la conformaban un trío de sublinajes (denominados ómicron BA.1, BA.2 y BA.3) con diferencias genómicas entre sí más notables que las existentes entre las cuatro variante previas (de alfa a delta).

A estos tres mosqueteros les siguieron de inmediato dos sublinajes más (BA.4 y BA.5, Sudáfrica, enero y febrero de 2022). Fue el nacimiento de una verdadera saga, todavía vigente. Ómicron aportó novedades en diversos aspectos, a saber:

  • Desde el punto de vista genético, la nueva VOC se caracterizada por decenas de mutaciones en la espiga (o proteína S, por Spike) alojada en la cubierta del coronavirus.
  • Según la óptica epidemiológica, la infección despuntó por su gran capacidad de contagio debido a una mayor afinidad al receptor celular específico ACE2 superando a la que entonces mandaba, la VOC delta.
  • Desde la óptica clínica, ómicron, aunque menos grave, supuso un notable incremento del número de infecciones (fue una gran ola pandémica).
  • Desde la perspectiva de la inmunidad, mostró una mayor capacidad de evadir los anticuerpos neutralizantes naturales y, más tarde, los post vacunales, lo que supuso una falta de protección y la aparición frecuente de reinfecciones de infectados previos y de vacunados. Lo que luego se denominó covid prolongado (Long covid, en inglés) ya empezaba a aparecer en un número indeterminado, pero importante, de sujetos. Y ahí siguen con sus multivariados cuadros clínicos incapacitantes.

Un artículo muy reciente (Nature Communications, 25 de mayo de 2025) aclara, por la máxima autoridad de sus autores (liderados por el investigador Tulio de Oliveira), la biografía pasada y presente de la saga ómicron en Sudáfrica, el origen geográfico de la misma (Figura 1) y el posible vivero donde se incuban las mutantes (¿por la alta prevalencia de infección VIH no controlada?) con proyección pandémica.

SARS-CoV-2: La variante ómicron progresa adecuadamente
Figura 1. Rastreo de los orígenes espaciales y la propagación de los linajes ómicron del SARS-CoV-2 en Sudáfrica. Crédito: Dor G, et al. Nature Comm, 2025

La saga ómicron y el sublinaje BA.3 desaparecido

El sublinaje BA.3 desapareció casi al nacer. Un misterio. No se tuvo noticias de ella hasta hace poco tiempo. BA.1 y BA.2 continuaron su viaje evolutivo y dominaron durante la segunda mitad de 2022. BA.2 no tardó mucho en tomar el mando epidemiológico. De ella derivaron, más tarde, las subvariantes BA.2.86 (julio 2023, en Israel y Dinamarca) y JN.1 que han dominado el paisaje epidemiológico planetario durante los últimos meses.

A partir de esta última, como se verá más adelante -tras diversos cambios mutacionales en la espiga S- surgieron cuatro nuevas, las cuales, a su vez y siguiendo la vereda evolutiva, dieron lugar a otras seis. De estas, dos (denominadas NB.1.8.1 y LP. 8.1.1) están circulando de forma predominante en la actualidad. Como si compitieran por ver quién dominará. Merecen un comentario aparte.

De regreso al pasado reciente (2020-2024), por fortuna, como era de esperar, el incremento del número de infecciones naturales más la implementación (en un tiempo récord: a partir del invierno de 2020) de un formidable programa mundial de vacunación con las nuevas plataformas vacunales de ARNm (y otras) mejoró de modo espectacular la situación epidemiológica: menor número de casos graves, menos ingresos hospitalarios con menos ingresos en las UCIs y un notable descenso de la mortalidad.

Pero a costa de pagar el coste evolutivo esperable: el virus se ha ido adaptando al nuevo escenario inmunológico (anticuerpos neutralizantes naturales o vacunales), en un ejercicio de darwinismo puro. Por consiguiente, contraatacó mediante la generación espontánea, azarosa y convergente (en diferentes sitios a la vez) de múltiples mutaciones.

Las mutaciones (o cambios genéticos), más otros mecanismos (deleciones, inserciones, recombinaciones genómicas), contribuyeron -y de qué manera- a crear lo que se denominó una sopa o nube de variantes. Una terminología poco científica, pero muy práctica porque sintetiza muy bien el verdadero gazpacho de letras, números y variantes.

La sopa de variantes

El carnaval de mutantes fue y es muy difícil de seguir por el público general (preocupado ahora, sin duda, por otros asuntos ajenos al virus, y al sentido común).

SARS-CoV-2: La variante ómicron progresa adecuadamente
Sopa, nube, enjambre o agrupación de mutantes (versiones de 3 de noviembre, arriba, y 5 de diciembre 2022, más simplificada, abajo) y sus mutaciones definitorias. Crédito: Daniele Focosi. Imagen representativa de la sopa de variantes obtenida de un trabajo nuestro previo (Tres años de coronavirus, a examen – BMN). Como se puede apreciar, no hay ni rastro de BA.3. Por su parte, BA.2, de la que derivaron BA.4 y BA.5, ya apuntaba maneras).

Igual cabe decir para la mayoría de los sanitarios que se dejaron la piel en la defensa titánica contra el SARS-CoV-2, una auténtica guerra biológica. Pero, como los clásicos cazadores de microbios (Anton von Leeuwenhoeck, Louis Pasteur, Robert Koch y decenas de investigadores más), los actuales cazadores de variantes (quienes cocinan y nos sirven la sopa con regularidad) no han abandonado su cualificada pasión investigadora y mantienen informados a quienes todavía muestran interés por este complejo asunto. Para tal menester, además de sus propios laboratorios de alto nivel y excelencia, se sirven de la información generada en el rastreo de las aguas residuales de las grandes ciudades, de los genomas acumulados en las grandes bases de datos internacionales (GISAID, Nextstrain) y de la proporcionada por algunos organismos supranacionales como la OMS, las entidades norteamericanas CDC y FDA y los ECDC de la Unión Europea, entre otros.

La contienda entre los sublinajes BA.2 y BA.3

El sublinaje BA.3

Recordamos que BA.3 desapareció casi al nacer acabando 2021, mientras que B1 y B2 continuaron la senda adaptativa. Pero parece que BA.3 ha regresado de donde quiera que estuviese escondida (es una forma coloquial de decir que lo ignoramos). Y ha hecho su reaparición en Sudáfrica y en los Países Bajos, en abril de 2025, como BA.3.2 (una derivada de BA.3 con 52 mutaciones).

Esta nueva versión del coronavirus pandémico se caracteriza por una gran capacidad de evadir la respuesta inmunitaria, es decir, de no ser inhibida por los anticuerpos neutralizantes defensivos generados por la infección natural previa o por las vacunas, lo cual no es una buena noticia. Pero, en contraposición, BA.3.2 tiene muy baja afinidad por el receptor celular ACE2, al cual se une la proteína S (espiga) para entrar en, e infectar a, la célula hospedadora (en la mucosa nasal y en los pulmones). Dicho de otro modo: su infectividad es baja (Figura 3).

En resumen, el potencial patógeno de BA.3.2 se ve contrarrestado por su escasa capacidad de contagio. Lo que se debería traducir en una baja capacidad de difusión. Así que, de momento, queda fuera de la competición pandémica.

variantes covid
Izquierda: Valores de la concentración inhibitoria media (IC50) de diversas variantes. Derecha: Determinación de la infectividad de LP.8.1.1, NB.1.8.1 y BA.3.2 en comparación con la variante XEC. Crédito: Guo C, et al. bioRxiv, 1 de mayo de 2025

El sublinaje BA.2

Como se dijo antes, BA.2 tomó el mando evolutivo desde casi su aparición. Este sublinaje ha seguido evolucionando para dominar el espacio de la nube o sopa de mutantes. Como se puede observar en la figura 2, las derivadas evolutivas de BA.2 fueron BA.2.86 y JN.1, las cuales han predominado en los últimos meses en buena parte de los países donde se hace seguimiento en aguas residuales y en aeropuertos.

Figura 4. Cambios genéticos en la glicoproteína S de las variantes más prevalentes. Las mutaciones claves van escritas en rojo. BA.32. deriva de BA.3 (suma 52 mutaciones en la espiga S). NB.1.8.1 y LP.8. 1.1 (cuadros rojos) derivan de BA.2. Crédito: Modificado de Guo C, et al. bioRxiv, 1 de mayo de 2025

De JN.1 surgieron cuatro sublinajes (XDV.1.5.1, JN.1.16.1, KP.3 y KP.1.1). Luego, a base de nuevas mutaciones, originaron seis diferentes: NB.1.8.1, LF.7.9, XFH, XFG, XEC.25.1 y LP.8.1.1 (figura 4). Interesa destacar ahora dos de estas seis últimas variantes: NB.1.8.1 (24%) y LP.8.1.1 (22%). Ambas disponen de una espiga S muy similar, pero la primera (NB.1.8.1) es considerada ahora de mayor potencial pandémico debido a su afinidad por unirse al receptor ACE2 (infectividad, propagación) y su capacidad de evadir la inmunidad (reinfecciones), ambas mejores que su pariente LP.8.1.1 (ambas derivadas de BA.2, figura 4). La OMS la ha considerado, por el momento, una variante bajo monitorización.

No sobra decir que, a fecha de 23 de mayo de 2025, 213 países comparten un total de 9.691.911 genomas de la variante ómicron, según GISAID.

Manifestaciones clínicas de NB.1.8.1

Como miembro de la saga ómicron, el sublinaje NB.1.8.1 tiene un comportamiento clínico similar a las más variantes más veteranas de la misma: síntomas comunes de infección de las vías respiratorias altas, es decir, dolor de garganta, tos leve, congestión nasal, y ronquera o afonía, con cierta repercusión general: fatiga, dolores musculares y fiebre. Puede haber dolor de cabeza, náuseas, pérdida de apetito y malestar gastrointestinal. En los lugares donde prevalece hay un ligero aumento de las hospitalizaciones, sin notarse apenas presión asistencial en las UCIs ni en las cifras de fallecidos.

¿Debe preocupar la variante en monitorización NB.1.8.1 a la ciudadanía?

Probablemente no, si nos acogemos a lo que se sabe hasta ahora, según se ha comentado en el apartado anterior. A pesar de que tiene una notable presencia mediática y genómica (Figura 5) porque existe en la actualidad un brote epidémico en China, el cual también afecta a otros países de Asia (Japón, Vietnam, Corea del Sur, Tailandia y Taiwán).

clados covid
Figura 5. Frecuencia de los diferentes clados según Nextstrain. Los clados 25A (LP.8.1) y 25B (NB.1.8.1) son los más frecuentes en la actualidad (30% y 29%, respectivamente).

 

Además, se ha detectado en Europa (Francia, Países Bajos y España). Y, para más zozobra, el estupendo sistema de detección viral en las aguas residuales y de los aeropuertos (CDC) instalados en California, el estado de Washington, Virginia y la ciudad de Nueva York han encontrado la variante NP.1.8.1 en algunos viajeros internacionales de los países asiáticos y europeos citados, según la base de datos GISAID (analizados entre el 22 de abril y el 12 de mayo de 2025).

La prensa norteamericana ha publicado la detección del sublinaje en varios estados norteamericanos. Algo similar ha ocurrido en Australia. La OMS, atenta a lo que sucede en el mundo, advierte sobre este fenómeno actual.

No se debe perder la calma, pero tampoco descuidar la vigilancia

La buena noticia, según la OMS, es que, a pesar de lo que está ocurriendo en Asia, Australia, Europa y América, el riesgo de pandemia es bajo, por ahora. Aun así, y a pesar de reconocer la menor trascendencia epidemiológica asociada a NB.1.8.1, las autoridades de Hong Kong están recomendando el uso de las mascarillas en sitios con aglomeraciones de personas (espectáculos públicos masivos, metro, trenes, aviones, etcétera).

Como si estuviéramos en plena pesadilla pandémica de los ¿felices? primeros años 20. Puede parecer exagerado, pero también es una recomendación oficial de la OMS. A lo que se debe añadir el control de la adecuada ventilación de los sitios de riesgo, una práctica de higiene y salud pública que debería quedar para siempre (no solo para evitar covid-19, sino todas las infecciones respiratorias).

En cuanto a la vacunación, la actual vacuna de la plataforma ARNm contra la variante JN.1, una pariente antecesora de NB.1.8.1 (Figura 3), es eficaz. Así que, de momento, calma y vacunas (la inmunidad colectiva parece estar bajando y bajará más si las políticas antivacunas de Mr. Kennedy Jr. se imponen). Numerosos expertos opinan que NB.1.8.1 no provocará un daño notable, a pesar de su actual difusión pluricontinental. Sin olvidar que estamos hablando de un coronavirus pandémico del que, como alguien dijo respecto a la gripe, lo único previsible es que es imprevisible.

SARS-CoV-2: La variante ómicron progresa adecuadamente
Figura 6. Linajes de SARS-CoV-2 circulando en diversos países a fecha de 31 de mayo de 2025, según las secuencias de GISAID. Destacan los tamaños de los círculos rojos (NB.1.8.1, 19,2%) y amarillos (LP.8.1.1, 16,4%). Crédito: Raj Rajnarayanan (@RajlabN) / X

PS: Además de las referencias citadas en los enlaces, la mayoría con una perspectiva histórica reciente (2020-2024), dos buenos resúmenes actuales sobre NB.1.8.1 están disponibles en la plataforma X (antiguo Twitter) a cargo de David it Up! y de Ryan Hisner. O Raj Rajnarayanan (Figura 6), entre tantos otros investigadores.